A gestão do Departamento é de papel principal do Chefe e Subchefe, em concordância com a Câmara Departamental. A Chefia Departamental coordena as atividades da graduação oferecidas pelo Departamento e as atividades do Laboratório de Treinamento e Fornecimento de Insumos e do Biotério e tem o apoio de uma Secretaria que coordena as atividades de recursos humanos do Departamento. Os cursos de Pós-Graduação têm secretarias próprias, que são responsáveis pelas atividades da Pós-Graduação. Para garantir o seu bom funcionamento, o DMIC trabalha em todas as suas instâncias com gestão compartilhada por professores e técnicos administrativos mediante a designação de Comissões Assessoras. Atualmente, as seguintes Comissões Assessoras estão designadas: Comissão Didática, Comissão de Recursos Humanos, Comissão de Espaço Físico, Comissão Responsável pelo Laboratório de Treinamento e Fornecimento de Insumos, Comissão de Comunicação e Divulgação e Conselho do Biotério.
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